โรงเรียนบ้านคลองตะเคียน ก่อตั้งเมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2517 โดยมีกำนันบุญกรอง  นทวัตวงศ์
เป็นผู้นำร่วมกับนายทอง  เจนจิรวัฒนา และนายเซ่ง คูหะมณี พร้อมด้วยประชาชนชาวบ้านคลองตะเคียนช่วยกันก่อสร้าง เป็นอาคารไม้พื้นปูนซีเมนต์ ตีฝาโดยรอบโดยมิได้ใช้งบประมาณของทางราชการแต่อย่างใดในระยะแรกตั้งเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนชุมชนบ้านคลองพลู เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4
          4 กรกฎาคม 2527 การประถมศึกษาจังหวัดชลบุรี มีมติให้ยกระดับโรงเรียนชุมชนบ้านคลองพลูสาขาคลองตะเคียนแห่งนี้ให้เป็นโรงเรียนบ้านคลองตะเคียน
 6 มกราคม 2529 สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดชลบุรีได้ส่ง นายบุญลอย  ปานมุณี มาดำรง    
ตำแหน่งครูใหญ่คนแรก และเปิดสอนชั้นเด็กเล็กอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 2529  วันที่ 14 มิถุนายน 2529 ได้สร้างต่อเติมอาคารเรียนแบบ สปช.105/2526 วันที่ 17 กรกฎาคม 2529 ได้สร้างบ้านพักครูหลังที่ 2 แบบ สปช.301/2526 งบประมาณ 150,000 บาท
 25 มีนาคม 2535 สร้างอาคารเอนกประสงค์แบบ สปช.201 งบประมาณ 380,000 บาท
 9 พฤศจิกายน 2536 สร้างบ้านพักครู แบบ สปช.301/26 งบประมาณ 300,000 บาท
 ปีงบประมาณ 2537 ได้รับงบประมาณก่อสร้างสนามวอลเล่ย์บอล แบบ สปช.
 ปีงบประมาณ 2542 ได้รับงบประมาณก่อสร้าง ต่อเติมอาคารเรียนชั้นล่าง จำนวน 4 ห้องเรียน
ได้รับงบประมาณก่อสร้างสนามบาสเกตบอล จำนวน 1 สนาม และได้ก่อสร้างป้ายชื่อโรงเรียนใหม่ที่ด้านหน้าโรงเรียน โดยงบบริจาค
 พ.ศ. 2552 เปิดการเรียนการสอนตามโครงการระบบทางไกลผ่านดาวเทียมวังไกลกังวล
 พ.ศ. 2554 ได้รับการรับรองมาตรฐานจากการประเมินภายนอกรอบสาม จาก สำนักงานรับรอง
มาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา
 พ.ศ. 2557 รับการประเมินโรงเรียนดีศรีตำบล
 พ.ศ. 2558 รับการประเมินและได้รับการประกาศจากกระทรวงศึกษาธิการเป็นสถานศึกษาพอเพียง รับการประเมินห้องสมุด 3 ดี และได้รับรางวัลรองชนะเลิศอันดับ 3 ระดับเหรียญทอง ห้องสมุดโรงเรียน ขนาดกลางจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชลบุรีเขต 1 ได้ผ่านการประเมินระบบประกันคุณภาพภายในของสถานศึกษา จากหน่วยงานต้นสังกัด ระดับคุณภาพดีมาก ได้รับการจัดสรรงบประมาณ (ปีงบประมาณ 2558) จำนวน 3,483,100 บาท สร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105/29 (2ชั้นใต้ถุนโล่ง) จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
พ.ศ. 2559  ได้รับรางวัลโรงเรียนต้นแบบการจัดกิจกรรม “ส่งเสริมค่านิยมหลักของคนไทย 12
ประการ” จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชลบุรีเขต 1 รับการประเมินและรับรางวัลรองชนะเลิศอันดับ 1 โรงเรียนต้นแบบลูกเสือ จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชลบุรีเขต 1 และ ได้รับรางวัล โรงเรียน อย.น้อยระดับดีเยี่ยม ได้รับการจัดสรรงบประมาณ (ปีงบประมาณ 2559 ) จำนวน 371,600 บาท สร้างห้องส้วมหญิง 4 ที่/49 จากสำนักงานคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน
ผู้บริหารโรงเรียนตั้งแต่เริ่มจัดตั้งโรงเรียน จนถึงปัจจุบันมีจำนวนรวมทั้งสิ้น 6 คน ผู้บริหารปัจจุบันคือ นายนรินทร์  นิพิฐพงษ์ ย้ายมาดำรงตำแหน่ง เมื่อวันที่ ๒๒ พฤศจิกายน พ.ศ. 25๕๙ โดยดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านคลองตะเคียน